由2020年起，市政署恒常對進口澳門的冷鏈食品、水果，以及批發市場、街市等開展病毒核酸檢測排查，每日平均抽取冷鏈食品及環境樣本近三百個，涵蓋冷藏、冷凍、冰鮮等進口檢疫食品及水果，按風險評估抽取一定比例的樣本作留置待檢，檢測結果無異常才可向下游銷售。

同時，市政署依照國家海關總署的公告對進口冷鏈食品采取預防及監管措施，因應風險程度制定應急預案。當獲悉某國家或地區的注冊場貨品檢出新冠病毒，即在澳門入口層面采取一系列暫緩入口申請檢疫安排。在期滿恢復時，亦針對該注冊場的貨品進行外包裝、內包裝及食品的病毒核酸檢測，嚴防新冠病毒透過冷鏈食品及外包裝傳播。

為加強對進口水果的溯源追蹤，目前，除冷鏈食品須于追溯系統作規范化申報，記錄每天出貨及退貨的下游公司、貨品數量外，業界也須對進口水果作規范化記錄，以便市政署溯源追查貨物流向。

市政署與衛生部門合作，協助業界三千多名冷鏈從業員接種新冠疫苗、安排每七日進行一次核酸檢測，持綠碼上班，落實工作人員及外來訪客進出冷鏈食品場所的登記管理，以便一旦出現突發狀況時權限當局可及時追蹤共同軌跡及風險人群。